Persistance du virus de la fièvre aphteuse : de la signature transcriptomique de la réponse de l’hôte aux marqueurs diagnostiques
Résumé
La fièvre aphteuse (FA) est une maladie animale virale très contagieuse affectant les artiodactyles sauvages et domestiques (principalement bovins, porcins, ovins et caprins). La FA a un impact socio-économique considérable en zone d’enzootie mais également en cas d’incursion dans une zone précédemment indemne comme ce fut le cas en 2001 en Europe. Une des problématiques liées à cette maladie est la persistance du FMDV (Foot-and-Mouth Disease Virus) dans le nasopharynx de plus de 50% des ruminants. Ces porteurs sains sont un frein au contrôle de la FA puisqu’ils représentent un risque de transmission du FMDV et sont sources potentielles d’émergence de souches recombinantes.
Les mécanismes impliqués dans l’établissement et le maintien de la persistance du FMDV restent méconnus. Lors d’un précédent projet européen coordonné par l’ANSES (ERA-NET/ANIHWA « Transcriptovac »), un nouveau modèle in vitro de persistance du FMDV mimant les conditions naturelles in vivo a été développé. Ce modèle de cellules primaires bovines issues de palais mou dorsal a permis l’étude protéomique et transcriptomique de la réponse de l’hôte lors de l’infection aïgue et persistante par le FMDV et ainsi d’identifier des gènes signatures. L’infection persistante s’accompagne ainsi d’une réponse antivirale innée durable, mais diminuée et inefficace pour éliminer le virus. Des gènes cellulaires impliqués dans d’autres voies de signalisation sont également hautement régulés et pourraient servir de marqueurs de persistance.
Le projet ICRAD « FMDV_PersIstOmics » coordonné par l’ANSES est la suite directe de ces travaux. Il vise notamment à évaluer le potentiel de ces gènes candidats comme marqueurs diagnostiques hôtes de la persistance du FMDV. Pour cela, une RT-PCR en temps réel multiplex est développée pour détecter à la fois les gènes candidats précédemment identifiés et un marqueur épithélial comme contrôle endogène. Le prototype de test multiplex sera évalué par une cinétique d’expression au cours de l’infection sur des échantillons in vitro et ex vivo, puis sur une banque d’échantillons cliniques collectés en Turquie courant 2021 lors d’épidémies de FA. Ce test permettrait de diagnostiquer de façon robuste voire prédire la persistance du FMDV chez les ruminants, et ainsi contribuer à un meilleur contrôle de la FA.