Une base de données pour évaluer la persistance du SARS-CoV-2 dans les ateliers de transformation des aliments
Résumé
Le virus SARS-CoV-2, responsable de la Covid-19 chez l’humain, est apparu à la fin de l’année 2019. Comme pour les autres coronavirus, le SARS-CoV-2 peut se propager via des aérosols, des fomites, des mains ou encore des surfaces contaminées. L’étude de la persistance de ce virus dans différentes conditions environnementales représente une étape clé pour mieux comprendre sa transmission. Le travail présenté visait à alimenter une base de données quantitatives utiles pour la caractérisation de la persistance des différents coronavirus, avec un processus reproductible de collecte de données à partir de la littérature scientifique. Le processus développé, combinant une étude bibliographique et une technique de numérisation reproductible des données, ainsi qu’une approche de modélisation prédictive, a permis d’identifier plus de 60 articles scientifiques pertinents, fournissant plus de 450 cinétiques pour différents coronavirus dans différents conditions environnementales (surfaces inertes, matrices alimentaires, aérosol, température, humidité relative, etc.). La qualité des cinétiques collectées a également été évaluée avec une étape de classement ainsi qu’une validation technique du processus par plusieurs utilisateurs indépendants. Toutes les données collectées ainsi que les outils développés ont été déposés dans des dépôts publics et ouverts pour toute réutilisation ultérieure par la communauté scientifique. S’inscrivant dans le projet ANR SACADA (ANR-21-CO13-0001), la création de cette base de données a permis non seulement de mieux comprendre la transmission du SARS-CoV-2 dans les conditions spécifiques des ateliers agro-alimentaires, mais le processus développé, réutilisable pour la collecte de nouvelles données de la littérature et transférable pour d’autres conditions et/ou d’autres virus, permettra également d’ouvrir des perspectives de recherche sur l’étude de la persistance virale.
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